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Fondata forse nel VII secolo, quando i profughi delle invasioni barbariche iniziarono ad abbandonare

la terraferma e a costruire le prime palafitte, la chiesa fu inizialmente dedicata a Santa Maria.

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Ad essa, nel 1125, fu associato San Donato martire, vescovo di Evorea, quando il corpo del santo fu trasportato da Cefalonia, dopo che la città fu conquistata da parte dell’armata navale comandata dal doge Domenico Michiel.

Rifacimenti successivi a questa data (fu restaurata nel IX secolo e completamente riedificata nel XII secolo) hanno prodotto il prezioso manufatto pavimentale, databile intorno al 1140,

che molto ha influenzato la produzione artistica dell’epoca  (in particolare i manufatti analoghi dell’abbazia

di Pomposa).

Tali mosaici sono composti di marmo e paste vitree policrome. La chiesa contiene, poi, una delle più antiche tavole dipinte del veneziano.